ظهرت فكرة تأسيسها سنة 1899م عندما نادى ثلاثة من مبشري الإرسالية الأمريكية في مصر بضرورة إقامة كلية بروتستانتية في القاهرة تكون مركزًا للمواجهة الفكرية مع الإسلام.
وفي عام 1913 تقدم أندرو واطسن الذي أصبح مؤسس الجامعة الأمريكية بوثيقة للقنصل العام الأمريكي في مصر تدعو لإقامة مؤسسة للتعليم العالي، بدعوى "حاجة مواطني شمال إفريقيا إلى التعليم المسيحي؛ لكي يُشكِّل حياتهم اليومية ويُعد قادتهم للمستقبل".
وقال: إن مكانة مصر الإستراتيجية باعتبارها مركزًا فكريًّا للعالم الإسلامي يفرض على المسيحية أن تقدم أفضل ما لديها لتتحدى الإسلام في مركزه الفكري، وإظهار شخصية المسيح للناس، وإعدادهم مهنيًّا؛ لكي تتحول بلادهم إلى مملكة للرب!.
وعلى الرغم من أزمة الحرب العالمية الأولى، تم توفير الاعتمادات المالية اللازمة لتُفتتح الجامعة الأمريكية في مقرها الحالي بميدان التحرير عام 1920م، واخُتير لقيادتها مجلس أوصياء من 21 عضوًا من ممثلي الكنائس المسيحية البروتستانتية.
وتكشف وثائق الجامعة عن التوجهات التي اعتمدتها حال نشأتها ومنها ضمان الشخصية المسيحية للجامعة، وتأثيرها في الطلاب وأعضاء هيئة التدريس من خلال المقررات الدراسية والحياة الجامعية؛ بغية تنمية الولاء المسيحي لديهم، بالإضافة إلى تحويل المجتمع المصري نحو القيم الغربية.
وقد ظلت تلك الوجهة التبشيرية هي المحور الذي تدور حوله بقية الأهداف المعلنة من إعداد النخبة، ونشر الثقافة الأمريكية وخدمة المجتمع المصري.
وفي عام 1951م تم تأسيس "مركز البحث الاجتماعي" الذي دعمته مؤسسة فورد، ومسئوليته تتركز في جمع وتحليل المعلومات التي تخص الظروف الاجتماعية في الشرق الأوسط، وقام المركز بدور خطير في كشف دقائق الأمور والمشكلات الاجتماعية في مصر بما يمكن اعتباره أداة للتجسس على مقدّرات الحياة الاجتماعية لدعم أمريكا في بسط الهيمنة الثقافية على المجتمع العربي.
الوثائق التي نشرها (إخوان أون لاين) مؤخرًا حول تعاون الجامعة مع وزارة الدفاع الأمريكية "البنتاجون" وتقديم الجامعة خدمات استشارية وإدارية للجيش الأمريكي، أعادت فتح الملف الأسود للجامعة الأمريكية في مصر، الدور الذي لعبته منذ إنشائها حتى الآن وفقًا لمخططاتها وأهدافها.
السؤال: كيف تمثل الجامعة قاعدة تجسس لدولة أجنبية على أرض مصر وتشكل خطرًا على أمنها القومي؟ وهل يجوز لمؤسسة تعليمية التعاون مع البنتاجون؟